1. สำนักงานรัฐมนตรี
2. สำนักงานปลัดกระทรวงยุติธรรม
3. กรมบังคับคดี
4. กรมคุมประพฤติ
5. กรมราชทัณฑ์
6. กรมสอบสวนคดีพิเศษ
7. กรมคุ้มครองสิทธิและเสรีภาพ
8. กรมพินิจและคุ้มครองเด็กและเยาวชน
9. สำนักงานกิจการยุติธรรม
10. สถาบันนิติวิทยาศาสตร์

หน่วยงานในบังคับบัญชารัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม

• สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามยาเสพติด (สำนักงาน ป.ป.ส.)

องค์การมหาชน

• สถาบันเพื่อการยุติธรรมแห่งประเทศไทย (องค์การมหาชน) เป็นองค์การมหาชนตามพระราบัญญัติองค์การมหาชน พ.ศ. 2542
• สถาบันอนุญาโตตุลาการ เป็นองค์การมหาชนตามพระราชบัญญัติเฉพาะ

ส่วนงานสนับสนุนพิเศษ องค์กรอิสระตามพระราชบัญญัติเฉพาะ คณะกรรมการป้องกันอาชญากรรมและช่วยเหลือทางกฎหมายแก่ประชาชน เป็นองค์กรหนึ่งซึ่งปฏิบัติหน้าที่ภายใต้ความกดดันภายใต้เงื่อนไขข้อกำหนดบางประการ มีอำนาจหน้าที่สนับสนุนอำนวยความยุติธรรม ซึ่งได้ปฏิบัติภารกิจเพื่อเมื่อความยุติธรรมให้กับประชาชนที่ไม่ได้รับความเป็นธรรมในกระบวนการยุติธรรมของการพิจารณาอรรถคดีในศาลทั่วราชอาณาจักรต่อโดยชำนาญการในด้านอาชญาวิทยาและอื่น ๆ เกี่ยวกับการบริหารคลี่คลายคดีสำคัญต่างๆและมีอำนาจหน้าที่พิเศษ โดยซึ่งส่วนใหญ่แล้วเมื่อชุดปฏิบัติการพิเศษลงพื้นที่ค้นหาความจริงหรือพิสูจน์หลักฐานร่วมกับผู้มีอำนาจหน้าที่ในคดีแห่งท้องที่นั้นๆ บรรดาคดีต่าง ๆ เหล่านั้นมักจะคลี่คลายได้โดยง่ายตามหลักของความเป็นจริงโดยปรากฏตามรูปคดีที่เป็นข้อเท็จจริงแห่งมูลคดีที่เกิดขึ้นจริง ผู้บริหารองค์กรระดับรองผู้อำนวยการขึ้นไปนี้จะผ่านบททดสอบทางตรรกะกระบวนการวิธีบริหารจัดการข้อมูล การสืบเสาะ ฟื้นฟูพฤติกรรม อย่างฝึกมาจำเพาะทาง รวมทั้งสภาพร่างกายและจิตใจและต้องผ่านการประเมินภาวะมีคุณธรรมจริยธรรมอย่างสูง ITA โดยส่วนใหญ่แล้วจะเป็นข้าราชการหน่วยงานหรือส่วนงานอื่นดำรงตำแหน่งเป็นผู้บังคับบัญชา เป็นองค์กรอันมีพระราชบัญญัติเฉพาะ